بایگانی خواندن توالی (SRA)
بایگانی خواندن توالی (SRA) یک پایگاه داده بیوانفورماتیک است که مخزن داده ای برای اطلاعات توالی‌یابی دی‌ان‌ای، مخصوصا "خواندن های کوتاه" که توسط توالی‌یابی با بازدهی بالا (HTS) تولید شده و معمولا این توالی ها زیر 1000 جفت‌باز هستند، فراهم می کند.این بایگانی بخشی از همکاری بین الملی پایگاه داده توالی یابی نوکلئوتید (INSDC) است و تحت همکاری مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری (NCBI) و مؤسسه زیست فناوری اروپا (EBI) و بانک اطلاعات دی ان ای ژاپن (DDBJ) اجرا می شود. بایگانی توسط مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری در سال 2007 به ترتیب برای تهیه مخزن داده های برای اطلاعات تولید شده توسط مطالعه توالی‌یابی آران‌ای و توالی یابی ChIP به خوبی مطالعات بزرگ شامل پروژه میکروبیوم انسان و پروژه ۱۰۰۰ ژنوم تاسیس شد.در اصل ب"ایگانی خواندن کوتاه" نامیده می شد که با پیش بینی این که فناوری توالی یابی در اینده می تواند با خواندن های بزرگتری انجام شود، به بایگانی خواندن توالی (از Short read archive به sequencing read archive) تغییر نام داد.
حجم اطلاعات بایگانی شده رشد بسیار سریعی داشته به طوری که در سپتامبر 2010،شست و پنج درصد اطلاعات مربوط به توالی یابی ژنوم انسان و 16 درصد مربوط به خواندن های متاژنومیکس انسان می شد که بیشتر از پروژه ۱۰۰۰ ژنوم به دست امده بود، اما در جون 2011 حجم اطلاعات SRA از مرز 100 ترا جفت باز گذشت. قالب داده ارجح برای پرونده های ارسالی به SRA ، قالب BAM است که توانایی ذخیره خواندن های تراز شده و تراز نشده را دارد. در داخل ، SRA برای ایجاد فشرده سازی انعطاف پذیر داده ، دسرسی API و تبدیل به قالب های دیگر مانند قالب فستک، به جعبه ابزار NCBI SRA ، که در هر سه پایگاه داده عضو INSDC استفاده می شود ، متکی است.
NCBI برنامه خود را برای بستن NCBI SRA در فوریه 2011 به دلیل کاهش بودجه اعلام کرد. با این حال ، EBI و DDBJ اعلام کردند که به پشتیبانی خود از SRA ادامه می دهند. در اکتبر 2011 ، NCBI ادامه بودجه SRA را اعلام کرد.
ذخیره اطلاعات در SRA توسط اکثر آژانس های تأمین مالی و مجلات دسترسی آزاد اجباری است. ژورنال های گروه انتشارات Nature حتما باید از توالی هایی استفاده کنند که در SRA در دسترس باشند.
This article "بایگانی خواندن توالی (SRA)" is from Wikipedia. The list of its authors can be seen in its historical and/or the page Edithistory:بایگانی خواندن توالی (SRA). Articles copied from Draft Namespace on Wikipedia could be seen on the Draft Namespace of Wikipedia and not main one.
